FAQ

FAQ – Perguntas frequentes relacionadas ao Serviço de Apoio ao Desenvolvimento Científico.

1. Quem pode usar o cluster?

2. Como criar uma conta no cluster?

3. Como renovar minha conta no cluster?

4. Como acessar o ambiente do cluster?

5. Como solicitar instalação de software no cluster?

6. Como solicitar ajuda em meu script .pbs?

7. Ao submeter um job ele é automaticamente encerrado e recebi o e-mail de violação de recurso devido a utilização incorreta de processador, o que fazer?

8. Como solicitar o desenvolvimento de um software científico? 92.5.9 Como solicitar alterações em um software científico?

9. Como solicitar alterações em um software científico?

1. Quem pode usar o cluster?

Para ter acesso ao cluster é necessário possuir vínculo ativo com a instituição (UFV), ser cadastrado como membro em projeto registrado e vigente na Pró-Reitoria de Pesquisa e Pós-Graduação (PPG/UFV).

2. Como criar uma conta no cluster?

Existem duas formas para se criar conta no Cluster:

1º – O interessado acessa o sistema de criação de contas, escolhe o projeto e solicita a conta. Após solicitada, será enviado e-mail para o líder do projeto com a solicitação de autorização. O líder deve assinalar seu aceite para que a conta possa ser criada.

2º O Líder do projeto acessa o sistema, escolhe o projeto e solicita a criação de conta para os membros do projeto que ele desejar.

Link do sistema de abertura de contas: https://www3.dti.ufv.br/dti/cluster/

3. Como renovar minha conta no cluster?

Para continuar a utilizar o cluster após a expiração da conta, o usuário com vínculo ativo com a instituição, deve solicitar a renovação da sua conta por prazo determinado.

Para solicitar a renovação:

1º Clique aqui para acessar o sistema de abertura de contas.

2º Logue no sistema com as suas credenciais de acesso.

3º Localize a conta expirada.

4º Clique em ‘Detalhes’ conforme imagem abaixo:

5º Na página que irá abrir, no canto superior esquerdo há o botão ‘Solicitar Prorrogação’. Basta clicar neste botão e dar andamento à solicitação:

6º Após efetivar a solicitação, o líder do projeto cadastrado no sistema de criação de contas receberá um e-mail e deve aprovar a solicitação no mesmo sistema. Após a aprovação do líder o cadastro é atualizado imediatamente.

4. Como acessar o ambiente do cluster?

Vide instruções em nosso site: https://dct.uf.br/uso-do-ambiente/

5. Como solicitar instalação de software no cluster?

Para solicitar a instalação de software no cluster é necessário que o solicitante seja proprietário da conta, ou membro da equipe, e esteja com sua conta ativa no sistema do cluster, e nos envie um e-mail para dti@ufv.br, contendo os dados do solicitante (nome, nº da solicitação cluster e matrícula UFV), os dados do software (nome do software, versão, link para download, licença caso necessário). É importante observar a compatibilidade do software com Linux, pois instalamos apenas softwares compatíveis com o mesmo.

6. Como solicitar ajuda em meu script .pbs?

Para solicitar ajuda para construção e submissão do script .pbs é necessário que o solicitante seja proprietário da conta ou membro da equipe, e esteja com sua conta ativa no sistema do cluster, e nos envie um e-mail para dti@ufv.br, contendo os dados do solicitante (nome, nº da solicitação cluster e matrícula UFV), os dados do script (nome do script, caminho onde se encontra  e o problema). 

Obs. Nosso suporte técnico é voltado apenas a especificação de variáveis, formas de uso, e alguns detalhes dos requisitos de submissão do gerenciador de jobs e o sistema de filas. Não entramos em detalhes técnicos ou uso específico de seu software.

7. Ao submeter um job ele é automaticamente encerrado e recebi o e-mail de violação de recurso devido a utilização incorreta de processador, o que fazer?

Neste caso o job é finalizado porque você utilizou mais processadores do que a quantidade especificada no script .pbs. Você deve ajustar adequadamente a quantidade de processadores solicitados ao PBS tanto na diretiva ‘#PBS -l’ quanto ajustar a mesma quantidade no software propriamente dito, passando na linha de comando os argumentos corretos. Após a especificação correta tente submeter novamente seu script .pbs.

Sobre a reserva e uso de recursos, e do motivo pelo qual o job é finalizado. Existe no cluster um processo que monitora constantemente se cada job em execução não está utilizando mais recursos do que foi solicitado no script PBS. Considere o seguinte exemplo: o job foi submetido solicitando 20 processadores (2000%, cada processador corresponde a 100%) e, no entanto, em algum momento, o job utilizou 48 processadores (4711.1%). Por isso, o job é finalizado e o usuário recebe a notificação. O job é finalizado, porque em situações como esta é utilizado recursos que estão alocados para outros usuários, o que pode atrapalhar as análises dos mesmos.

É importante destacar novamente a diferença entre reserva e uso de recursos. Iremos exemplificar com o recurso processador, mas o mesmo se aplica para memória. A reserva de recursos é especificada na diretiva #PBS -l. Veja o seguinte exemplo: #PBS -l nodes=1:ppn=4,mem=10gb, onde é solicitado ao sistema de filas que o script irá necessitar utilizar 4 processadores. O sistema de filas apenas reserva estes 4 processadores. Como o job irá utilizar os processadores, quando estiver executando, depende de cada script e de cada software. Não é possível para o sistema de filas saber a priori que quando é solicitado 4 processadores se o seu script irá utilizar 1 ou 30 processadores. O seu script deve controlar isso.

Alguns softwares oferecem algum parâmetro para configurar a quantidade de processadores (ou número de threads) que o software vai utilizar. Se for o caso do seu software você pode ajustar este valor na linha de comando do seu software e fazer a correspondência com o que foi solicitado na diretiva de recursos do seu script pbs. Você deve consultar o manual (ou help) do seu software para verificar se existe este parâmetro.

Existem alguns softwares de processamento paralelo (utilizam mais de 1 processador) que podem ter como comportamento default utilizar todos os processadores disponíveis em uma máquina e que não fornecem esses mecanismos de ajustes de processadores. Se este for o caso do seu software, você pode tentar a seguinte alternativa com ‘cpuset’ que outros usuários do cluster já tiveram sucesso em utilizar. Para utilizá-la basta adicionar os seguintes comandos ao seu script .pbs:

#Habilita o carregamento de módulos

source /etc/profile.d/modules.sh

module load dct-utils/1.0

cpuset

O comando ‘cpuset’ deve ser o primeiro comando após o carregamento dos módulos utilizados. Isso é extremamente importante. Ele deve ser adicionado antes de utilizar o software propriamente dito. 

Novamente, a solução recomendada é passar ao software o parâmetro de quantidade de processadores ou do número de threads, quando for o caso. É provável que o software que você utiliza tenha este parâmetro.

Caso não consiga resolver, entre em contato conosco conforme especificado em nosso FAQ no item: 2.5.6 Como solicitar ajuda em meu script (.pbs)?

8. Como solicitar o desenvolvimento de um software científico?

Primeiramente é necessário que você possua vínculo ativo com a instituição (UFV), que o software tenha cunho científico, e seja algo que possa contribuir com o avanço da pesquisa científica da instituição. A princípio será feita uma análise de viabilidade do software, e se aprovado pela chefia do serviço SDC, será criado um novo projeto para desenvolvimento do mesmo. Caso contrário, será apresentado o parecer e as devidas justificativas para o não desenvolvimento.

Para solicitar o serviço nos envie um e-mail para dti@ufv.br, contendo os dados do solicitante (nome e matrícula UFV), os dados do software (um resumo do que se trata o software). 

9. Como solicitar alterações em um software científico?

Para solicitar alterações em um software existente é necessário que esse software tenha sido desenvolvido pela SDC, e o responsável possua vínculo ativo com a instituição.

Para solicitar o serviço nos envie um e-mail para dti@ufv.br, contendo os dados do solicitante (nome e matrícula UFV), os dados do software (nome, e um resumo do que se trata a alteração).

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